Так для этого, в инструкции по обновлению специально и написано - Обновите все файлы из папки /tubes/ вашего архива (за исключением папок animate/, config/, base/, export/ и videofiles/).
Да, видимо провтыкал. Русский человек читает инструкцию только тогда, когда точно понял, что сломал (с)
Автор разработки учитывает это успакойтесь/, он за вас все делает можно сказать, будьте благодарны и на этом, и денег просит не много за свои труды, предлогаю его выдвинуть в жанр святых